Самой серьезной угрозой стабильности со времени обретения независимости стала попытка отделения острова Бугенвиль, где в 80-е годы располагался медный рудник Пангуна и который являлся одной из основ экономики Папуа-Новой Гвинеи. В 1990 году группа, называющая себя Бугенвильской Революционной Армией (БРА), возглавила движение за отделение острова от Папуа-Новой Гвинеи. Этот акт последовал за чередой насильственных политических потрясений, сосредоточенных на медном руднике, а затем распространившихся по всему острову. Первоначально восстание было сосредоточено на экологическом ущербе, причиненном рудником, и не выплаченных бугенвильцам роялти.
Были предприняты многочисленные попытки решить эту проблему, которая нанесла ущерб экономике Папуа-Новой Гвинеи и разрушила экономику Бугенвиля и привела к многолетнему насилию, сопровождавшемуся многочисленными зверствами и разрушением шахты и другой инфраструктуры.
К 1994 году некоторые сепаратистские лидеры были недовольны жесткой позицией БРА. На встрече с премьер-министром в ноябре 1994 года, после которой была принята Миригинская Хартия, они договорились о создании временной администрации провинции Северный Соломон (Бугенвильское временное правительство (БВП)), которая будет иметь совет вождей, назначающих членов провинциальной ассамблеи. Эта администрация была создана в начале 1995 года, ее премьер-министром был Теодор Мириунг, и переговоры о расширении автономии продолжились.
В октябре 1996 года премьер Мириунг был убит. Его место занял Жерар Синато, который сразу же призвал к трехсторонним переговорам между БВП, БРА и правительством Папуа-Новой Гвинеи. Однако правительство приняло решение разрешить ситуацию силой, и в начале 1997 года оно заключило контракт с группой иностранных наемников для окончательного урегулирования Бугенвильского кризиса. Однако оборонительные силы Папуа-Новой Гвинеи немедленно вышли на улицы и задержали, а затем изгнали наемников.
В октябре 1997 года, после переговоров в Крайстчерче, Новая Зеландия, было подписано перемирие между новым правительством и многими Бугенвильскими сепаратистами, но не с БРА во главе с Фрэнсисом Оно. После дальнейших переговоров в январе 1998 года, со всеми сепаратистами были согласованы постоянный мир и амнистия, которые вступили в силу после официальной церемонии подписания в конце апреля 1998 года и положили конец девятилетнему конфликту, унесшему жизни около 20 000 человек.
Был начат процесс переговоров по вопросу о большей автономии: в январе 1999 года была учреждена Бугенвильская ассамблея; в мае 1999 года на первом заседании было избрано Бугенвильское правительство примирения (БПП) с его президентом Джозефом Кабуи; затем он назначил группу для проведения переговоров.
В марте 2000 года между БПП и правительством Папуа-Новой Гвинеи было заключено «Лолоатское соглашение», в соответствии с которым было создано Временное правительство провинции Бугенвиль.
В августе 2001 года в Араве было подписано Бугенвильское мирное соглашение, предусматривающее предоставление Бугенвилю особого автономного статуса с постепенной отменой существенных полномочий по самоуправлению со стороны правительства Папуа-Новой Гвинеи, а также обещание провести референдум о независимости в период между 2015 и 2020 годами. Эти условия были закреплены в Конституции Бугенвиля, которая была утверждена парламентом Папуа-Новой Гвинеи в декабре 2004 года. Первое автономное правительство Бугенвиля было избрано в мае/июне 2005 года, а президентом был избран бывший лидер Движения за независимость Джозеф Кабуи. Джеймс Танис был избран президентом Бугенвиля в ходе дополнительных выборов, состоявшихся в декабре 2008 года после смерти президента Кабуи в июне того же года.
В мае 2010 года в Бугенвиле состоялись вторые выборы Бугенвильского автономного правительствана. Бывший губернатор провинции Джон Мамис был избран президентом с 52,4% голосов, в то время как в Палату представителей была избрана большая часть новых членов, представляющих различные политические фракции.
